部将由兵部直接任命，是代表朝廷到各商团军中去执行政训督导的。其职责，就是确保所有商团军的军心所向永远忠诚于北朝，并且作为朝廷监督商团军的政治主官。
商团军的团长、营长、连长都是没有品秩的，政训官却是朝廷委派的。刘行相信单从这一点上，有官身的人压制那些没品秩的人，只要用人得当就一定会达到牢牢控制商团军的目的。
增设政训官之外，编制上也是一大手段。一个营满编不得超六百五十人，一个连不得超一百五十人。连一下的排为三十三人死定额，班为十人基本定额。
以编制员额遏制住商团军发展的规模，直接斩断了商人们可能做出来那种肆意招兵、有钱就有兵的情况出现之可能。
为了使日后商团军军官可能转入皇家部队时减少麻烦，刘行又明确为商团军确定出了少将、准备将、上校、中校、少校、准备校、上尉、中尉、少尉、准备尉的十阶军衔制。兵士则分为一到六级军士长、上士、中士、下士、一等兵、二等兵、列兵的十二等军衔制。
给各级军衔的人发多少钱是商人的事，但那些商团军想要转入到皇家部队时，则首先要看其必须经过定期核试、朝廷先确定好的军衔来确定其谴往何处、委以何用。
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