科研人员在测验离子碰撞机时产生了强烈的磁场电流，引燃泄露挥发的燃料，继而引发大爆炸。当救援人员赶到现场时，这个实验室里的所有一切都已经损毁，科研人员除唐院长外全部遇难，当然唐院长也假装地受了点伤。
这次的事故被确定为意外事故，当然唐院长也为他的“失职”承担了责任，从军事科学院的院长降到秘临物理研究院当副院长。
上级也批准了“蓝机构”的解散报告，唐院长精心策划，除掉了自己组建的机构，现在只有他知道记忆的读取、移植、复制这些研究成果。
但真正的“蓝机构”并没有解散，解散的只是政府部分。唐院长后来改为“蓝黑军团”的秘密行动组，还有当时没有正式加入机构给唐院长当助理的易阳，都是“蓝机构”的成员。
在那次的爆炸事件过后，唐院长回到了秘临物理科学研究院担任副院长，从此表面上不再研究科学，但私下，他则秘密修建了自己的研究室。