三令”，准备逐渐削弱地方大名权力，实现中央集权；
九月十五日，后阳成天皇病逝，秀保举荐原丰臣秀吉养子、后阳成之弟八条宫智仁亲王为天皇，是为后水尾天皇；
十月十三日，不满秀保政策的山形藩主最上义亲（兄弟矛盾尖锐）、仙台藩主伊达政宗（子嗣众多）以及佐土原藩主岛津忠恒（两者皆有）等十余家大名联合抵制，并动员领内军备不惜与秀保一战，史称“丁巳之乱”；石田三成奔走劝告，甚至丰臣秀赖出马亦没有太大缓和；秀保对此早有准备，他一方面调动军队积极备战，另一方面利诱大名家中的支持者（如庶长子和兄弟等），从内部分化反对势力；
十月二十八日，最上义亲三弟清水义清于米泽城起兵，作为先锋攻打山形城，蒲生秀行、上杉景胜领兵呼应；伊达政宗庶子也于当夜刺杀伊达政宗于仙台本丸，伊达家陷入混乱；
十一月三日，最上义亲兵败自杀，秀保以清水义清为最上氏家督，继承山形十五万石，仍称山形藩，四弟山野边义忠继承米泽周边十二万石，是为米泽藩，庄内、由利等领地纳入天领，秀保派专人管理；
十一月五日，伊达政宗次子打开仙台城门，迎接蒲生、宇都宫军进城，按照《推恩令》及《王土奉还令》，秀保将仙台藩六十八万石分成五份，其中天领二十万石，政宗四子瓜分剩余四十八万石；
十一月中，反对大名相继被害或投降，十余藩被肢解至四十藩，仅剩岛津忠恒不愿投降；
十一月二十日，岛津义弘召开评定，废黜忠恒家督之位，开城迎接丰臣军；秀保将佐土原藩肢解为三家，并没收西大隅为天领，“丁巳之
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