立即把他们驳了回去，振振有词地说：此辈奸党，神通广大，离开此地，还有谁敢公正审讯？他的潜台词是，吴昌时牵涉到周延儒，司法部门碍于人事关系，很难公正审讯。蒋德璟、魏藻德只得退一步，请求不要用刑，因为在宫殿用刑，实在是三百年来从未有过的事。
朱由检这个皇帝却并不拘泥于什么“祖宗法度”反驳说：吴昌时这厮，是三百年从未有过的人！一记闷棍，把蒋、魏二人弄得哑口无言。
于是“三百年从未有过”的事情上演了。宦官对吴昌时动用酷刑，把他的两腿胫骨夹断，情况极为惨酷，哀号之声响彻殿陛之间。在场的人莫不为之暗暗叹息：呜呼，国家元气丧失殆尽了。由于吴昌时已经昏迷不省人事，朱由检命令把他押入锦衣卫监狱。
不久，朱由检指示刑部、都察院、锦衣卫，以“把持朝政，奸狡百端”的罪名，把吴昌时斩首。
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