8月25r，德塞将军带着4个营，约3；000多人从吉萨溯尼罗河而上，找寻穆拉德贝伊军的残余人马并平定尼罗河上游地区。10月7r，德塞首先在萨迪曼遇到了穆拉德贝伊军的9；000马穆鲁克，将其击溃并驱逐到大漠之中。但马穆鲁克仅损失了420人，而德塞则损失了110人。10月底，德塞的部队由于眼炎2和疟疾，人员大量减少。身材高大而不屈不挠的德塞仍然继续在荒漠追击马穆鲁克，直到4月份，共歼敌2；000多人。神出鬼没的马穆鲁克从此销声匿迹。
同时，埃及北部的战役仍在继续。11月28r，梅努将军接替了亚历山大的芒斯库特，将亚历山大地区和罗塞塔地区全部纳入他的责任范围。10月中旬，迪盖将军率4，000多人马到达米亚塔，执行拿破仑“追击阿拉伯人，严厉惩罚他们”的命令。安德列奥西被派往曼扎拉湖执行打通进军叙利亚通道的特殊使命，而迪马将军、缪拉和声名狼藉的拉尼斯则征服了埃及的东北部。
早在9月份，拿破仑就在认真考虑入侵叙利亚的问题了，当时他要求雷尼尔将军探明进攻的路径并命令毫不留情的骑兵军官缪拉对那个地区的阿拉伯人进行“一切可能的打击”。“我的意图是，”他说，“毁灭他们。”拿破仑命令迪盖将他的整个师团向前推进，通过“杀头、抓人……焚烧村庄，给他们一个下马威”的手段，树立法军的威名。
12月3r，拿破仑命令邦将军向苏伊士进军，攻占海港，控制红海的海上商业通道，同时与红海对岸杨布和吉大的阿拉伯人建立友好的联系，防止他们暗中帮助马穆鲁克。12月7r，到达苏伊士后，邦将军迅速完成了使命
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