得与土耳其的谈判陷入了僵局。
拿破仑7月在埃及成功登陆的消息直到9月10r才传到巴黎，人群为此欢呼，巴黎军校鸣礼炮以示庆贺。当天晚些时候，当礼炮还在法国首都回响，信使飞马来到海军部长布律克斯的房间，通报布吕埃斯的舰队在阿布基尔湾遭到纳尔逊重创。
法国海军在阿布基尔的惨败很快就波及地中海：同一个月，驻科孚岛守军遭到英国皇家海军的袭击（该岛1799年3月3r向英国投降），沃比翁将军亲自下令马耳他向英国投降，且待1800年9月4r再在马耳他向英国人报仇雪耻不迟。如此一来，法国先后失去了两个具有重要战略意义的岛屿。此时，拿破仑对此还一无所知，他也不知道从阿布基尔海战死里逃生的维尔纳夫和德克里斯在企图逃离马耳他时也被英国人俘获。随着阿布基尔海战的失败，法国人在地中海地区无论是外j还是军事上都满盘皆输。因此，拿破仑企图与叙利亚的土耳其人或是君士坦丁堡和谈的努力纯属徒劳。
曾经向拿破仑表示要全力支持埃及远征的塔列朗给督政府的特雷亚尔（treilhard）写信，后者将该信于1798年11月4r转寄给了拿破仑并批写道：“你可以想像督政府是多么后悔，以及他们是多么难以理解你远征的详情。”他继续写道，“由于海战的失败，法国在地中海处于腹背受敌的窘境。一切国际问题皆应归咎于这个可怕的事件。”这次“舰队的灾难”削弱了法国各种外j政策的基础。马耳他遭到封锁、意大利出现麻烦、英国和奥地利联合俄国和普鲁士正在形成新的反法同盟。此外，督政府不得不紧急征募20万新兵，由儒贝尔将军前去担任意大利
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