已经改变了原来当神职人员的计划、到比萨攻读法律（未完成）的约瑟夫·波拿巴也回到了科西嘉，与拿破仑并肩工作。但是，此时岛民之间发生了很大的分歧：一派是支持国王反对革命和民法（该民法要求神职人员接受效忠革命的誓言）的天主教会，一派是法国大革命的拥护者，还有一派则要求完全独立。拿破仑和约瑟夫虽然倾向独立，但对法国大革命的许多原则大加赞赏，因此天主教派的暴徒无一幸免。科西嘉变成了一个险恶的地方。
拿破仑和现在已经是独裁者的保利在政治上发生了严重分歧，拿破仑于1790年1月去法国之前，说服阿雅克肖的雅各宾俱乐部给该市驻国民议会的毫无作用的代表写一封抱怨信。“保利勃然大怒，”拿破仑回忆道，“从此以后我们有很长时间没有说过话。”
自从拿破仑离开皇家军校来到瓦朗斯以来，他一直过着最简朴的军团生活。他要扶养现在带在身边的13岁的弟弟路易，还要给母亲寄钱——剩下的一点钱也统统花在了购书和文具上。至于一r三餐，面包和n酪足矣。难怪劳拉·佩尔蒙焦虑地发现他看上去比任何时候都更加苍白和瘦弱。但是，这并不妨碍拿破仑参加题为《论为使人类幸福所必备的真理和情c》的征文比赛。这是他最后一次花费他宝贵的时间进行哲学冒险了。他不再沉迷理论学说，他现在已经完全脱离了“青年时代”。
1791年9月10r，拿破仑中尉（他在6月得到晋升）在5年内第四次回到科西嘉，这次是来支持约瑟夫竞选立法议会议员的。由于缺乏保利的支持，约瑟夫被夏尔·安德鲁·波佐·迪博尔戈（他家一直是阿雅克肖城波拿巴宅第三楼的
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